U Demokratsku stranku se uključio 1996. godine, sa kojom je delovao na lokalnom nivou u Skupštini opštine Grocka. Decembra 2000. godine napušta Demokratsku stranku i godinu dana kasnije se priključuje Demokratskoj alternativi u kojoj je ostao sve do 2004. godine kada se Demokratska alternativa utopila u SDP, a Pekarski se priključio Grupi građana "Snaga građana" koja je na lokalnim izborima 2004. godine osvojila 3 mandata. Kasnije Pekarski prelazi u Novu Srbiju. Trenutno u njoj obavlja funkciju člana Predsedništva.
Po prvi put postaje narodni poslanik 09. decembra 2016. godine.
Nakon što se poslanička grupa Nova Srbija rasformirala januara 2017. godine, postaje samostalni poslanik, ali 3. februara 2017. godine se priključio novoformiranom poslaničkom klubu "Za spas Srbije".
Oktobra 2017. godine prelazi u Srpsku naprednu stranku.
Drugi put postaje narodni poslanik na izborima održanim 21. juna 2020. godine. Izabran je sa izborne liste “Aleksandar Vučić - za našu decu”.