Gimnaziju je završio u Beogradu. Studirao je filozofiju na beogradskom fakultetu.
Pošto je januara 1974. komunistička vlast zabranila održavanje studentskog skupa u Ljubljani, na kojem je trebalo da bude ukazano na postojanje krize jugoslovenskog društva, policija je uhapsila organizatore, među kojima je bio i Đinđić. Novembra 1974. osuđeni su na po godinu dana zatvora, ali, usled pritiska međunarodne javnosti, studenti izbegavaju izdržavanje kazne. Đinđić tada odlazi u Frankfurt, gde nastavlja studije filozofije. Doktorirao je 1979. na univerzitetu u Konstancu.
U Jugoslaviju se vratio 1989. godine, postao je profesor na Filozofskom fakultetu u Novom Sadu i viši naučni saradnik u beogradskom Centru za filozofiju i društvenu teoriju. Sa još 12 intelektualaca iste godine je je inicirao obnavljanje Demokratske stranke. Septembra 1990. izabran je za predsednika Izvršnog odbora stranke.
Biran je za poslanika u prva tri višestranačka saziva Narodne skupštine Srbije i Veću republika Skupštine SRJ. Januara 1994. postaje predsednik Demokratske stranke.
Nakon uličnih protesta koalicije „Zajedno“ zbog izborne krađe i poništenih izbora 1996/97, izabran je za gradonačelnika Beograda februara 1997. godine. Nekoliko meseci kasnije raspada se koalicija i Đinđić biva smenjen.
Odigrao je važnu ulogu u svrgavanju Slobodana Miloševića sa vlasti i 5-oktobarskim demonstracijama. Juna 2000. Đinđić je preuzeo funkciju koordinatora u Savezu za promene, a zatim postao i šef izbornog štaba DOS-a za izbore septembra 2000. Na izborima Đinđić je izabran za poslanika u Veću republika Skupštine SRJ. Na republičkim izborima održanim u decembru 2000. godine ponovo pobeđuje DOS, a Đinđić je januara 2001. godine imenovan za mandatara Vlade Srbije.
Dobitnik je ugledne nagrade „Bambi“ za 2000. u oblasti politike i nagradu Fondacije „Polak“ za 2002. za doprinos razvoju demokratije u Srbiji.
12. marta. 2003. Zoran Đinđić, predsednik Vlade Republike Srbije, je ubijen pred zgradom Vlade u atentatu koji su organizovali pripadnici JSO i „zemunski klan“.