Predlagač zakona predlaže izmene i dopune Zakona u cilju njegovog usklađivanja sa Zakonom o policiji i Zakonom o sistemu zaposlenih u javnom sektoru. Predlagač smatra da odredbe Zakona o policiji koje se odnose na prava, dužnosti i odgovornosti po osnovu rada nisu odgovarajuće za specifične potrebe Agencije, iz kog razloga predlaže usvajanje odredbi koje bi se primenjivale samo na pripadnike Agencije.

Predlogom je precizirano da akt o unutrašnjem uređenju i sistematizaciji radnih mesta u Agenciji, donosi direktor Agencije uz prethodnu saglasnost Vlade. Akt o unutrašnjem uređenju i sistematizaciji radnih mesta sadrži podatke sa kojima se postupa u skladu sa zakonom koji uređuje tajnost podataka.

Na osnovu predloga zakona ukida se odredba koja je predviđala da se na sve pripadnike Agencije, u pogledu prava, dužnosti i odgovornosti na osnovu radnog odnosa, primenjuje Zakon o policiji.

Shodno tome predlogom zakona predviđene su tri kategorije pripadnika Agencije, i to: ovlašćena službena lica, lica na određenim dužnostima (čiji je status regulisan odredbama zakona koji se odnose na policijske službenike) i lica bez ovlašćenja (na čiji se status primenjuju propisi kojima se uređuju radni odnosi u državnim organima).

Predlogom zakona predviđeno je da za popunjavanje radnih mesta u Agenciji nije obavezno sprovođenje konkursa, te da o zasnivanju radnog odnosa rešenjem odlučuje direktor.

Uvodi se preciziranje postupka bezbednosnog proveravanja pripadnika Agencije, koji je različit u odnosu na MUP Srbije. Predlogom se predviđa da je postupak usklađen sa Zakonom o zaštiti podataka o ličnosti.

Takođe, preciziran je postupak bezbednosnog proveravanja, u kome Agencija utvrđuje postojanje bezbednosnih smetnji u slučaju prijema lica u radni odnos/povratka na rad na osnovu pravosnažne sudske odluke. Ovaj postupak može se sprovesti isključivo uz saglasnost lica, a u slučaju da odbije davanje saglasnosti, smatraće se da je odustalo od zasnivanja radnog odnosa/povratka na rad. Sa podacima koji se prikupe u postupku bezbednosne provere postupa se u skladu sa Zakonom o tajnosti podataka i Zakona o zaštiti podataka o ličnosti.

Predlog zakona predviđa obaveznu stručnu obuku, usavršavanje i polaganje stručnog ispita za pripadnike Agencije, čiji se rad ocenjuje jedanput godišnje.
Direktor Agencije ovlašćen je da donese akt kojim se utvrđuje postupak stručne obuke i ocenjivanja. Takođe, uz prethodnu saglasnost Vlade, direktor Agencije donosi i akt o uslovima za sticanje i gubitak zvanja utvrđenih predlogom zakona.

Na osnovu predloga zakona uređuje se način obračuna zarade zaposlenih u Agenciji, a direktoru Agencije dato je ovlašćenje da uz prethodnu saglasnost Vlade donese akt kojim se uređuju koeficijenti za obračun plata. Osim toga, predlogom su precizno utvrđeni uslovi za trajni ili privremeni premeštaj pripadnika Agencije na drugo odgovarajuće radno mesto.